Под понятием "Native EXE" понимаются EXE-файлы, запускаемые непосредственно с КПК работающего под Windows Mobile. Т.е. запустить их под обычным Windows не возможно, а скопировав их в определнную директорию на PocketPC и запустив оттуда проводником коммуникатора или любым другим файловым менеджером (например Total Commander'ом) можно запустить саму игру. Такие игры в принципе не требуют установки.

Удобнее создать для них отдельную папку, т.к. иногда они при первом запуске создают различные файлы конфигурации и настроек. Да и при удалении игры хочется всегда знать что именно было до установки игры, а что создано ей.